Στο Αγαθονήσι θα συναντήσετε πολύ όμορφες παραλίες που θα σας τραβήξουν την προσοχή λόγω των καθαρών και πότε καταγάλανων πότε πράσινων νερών τους.
Στην πλειοψηφία τους αποτελούνται από μικρό βότσαλο και είναι προσβάσιμες οδικώς. Για να φτάσετε σε κάποιες πρέπει να διαβείτε μονοπάτια αλλά αξίζει τον κόπο.
Μερικές από τις πιο χαρακτηριστικές παραλίες στο Αγαθονήσι είναι ο Γαϊδουραύλακος, ο Άγος Γεώργιος, το Τσαγκάρι, τα Χοχλία, ο Πόρος κ.α.